Ser una Institución de excelencia, líder en el diagnóstico, control de calidad y referencia, así como en la formación de recursos humanos, evaluación de la competencia técnica, investigación y desarrollo tecnológico con respuesta de calidad ante los retos de salud pública, con personal comprometido en un ambiente de trabajo en equipo que fomente el desarrollo humano y la satisfacción entre los usuarios y prestadores del servicio.

El Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE) genera información de calidad, coordina y es referencia de la Red Nacional de Laboratorios de Salud Pública, al proporcionar servicios confiables y oportunos de diagnóstico, formación de recursos humanos, evaluación de la competencia técnica e investigación y desarrollo tecnológico, para la toma de decisiones y sustento de la inteligencia epidemiológica en apego a los requisitos de la norma ISO 9001:2008 e ISO 15189:2007; con el personal comprometido con la buena práctica, la calidad de los examenes y el cumplimiento con el SGC y los valores establecidos en el Código de Ética que fomentan la cultura de calidad y mejora continúa de los procesos para la satisfacción de los usuarios.